В процессе эксплуатации в воздуховодах и оборудовании систем вентиляции происходит накопление отложений пыли и жира, что затрудняет поддержание заданных параметров воздуха.
Загрязненные воздуховоды систем вентиляции и кондиционирования создают возможность возникновения пожаров. Скопившиеся в вентиляционном оборудовании и воздуховодах отложения пыли и жира легко воспламеняются, и с движением воздуха внутри воздуховодов огонь быстро распространяется по всему зданию.
Если система вентиляции, помимо транспортировки воздуха, предназначена для его нагревания, охлаждения и увлажнения, то скопившиеся отложения пыли создают благоприятную почву для роста опасных для человека клещей, бактерий, грибов и других микроорганизмов. Со временем микроорганизмы могут отрываться от поверхности воздуховодов и переноситься потоком воздуха в обслуживаемые помещения. Такие заболевания как
аллергия, грипп, «болезнь легионеров», а также атипичная пневмония (SARS) могут передаваться посредством вентиляции, от зараженного человека к здоровому.